Al in de 11e eeuw zou er op de plaats van het huidige kerkgebouw een kerkje hebben gestaan dat mogelijk door de Noormannen is verwoest. *  Later is er een tufstenen kerkje voor in de plaats gekomen, gewijd aan St.-Maarten. Het oudste gedeelte van de Romaanse tufstenen toren dateert waarschijnlijk uit de 13e eeuw. De oudste bewaard gebleven schriftelijke vermelding van de parochiekerk dateert van 1275-1280. De parochie hoorde tot 1559 tot het bisdom Utrecht, daarna tot het bisdom 's-Hertogenbosch. In de 15e eeuw werd de kerk vergroot door er zijbeuken aan te bouwen. In 1438 stichtte Johan van Rossum een kapittel dat werd verbonden aan de kerk. Het kapittel werd opgeheven tussen 1572 en 1599.

De bekende veldheer Maarten van Rossum had in de kerk een graftombe laten bouwen. Na zijn dood in 1555 werd zijn lichaam daarin bijgezet, maar nadat de tombe in 1599 verloren ging, werd zijn stoffelijk overschot overgebracht naar de St.-Jan in Den Bosch.

In 1560 werd de kerk in brand geschoten door de Spanjaarden. Het gespaard gebleven koor werd sindsdien gebruikt als kerk, het schip en de toren bleven als bouwval staan. In diezelfde tijd kwam de kerkruïne tijdens de reformatie in protestantse handen. Nadat het restant van de kerk in 1599 zou zijn afgebroken in verband met de aanleg van fortificaties, zouden het koor en de toren weer zijn opgeknapt, maar niet het schip. In 1611 klaagde de predikant dat het gebouw in zo'n slechte staat verkeerde dat het onmogelijk was om er nog langer te preken. *  Het is onduidelijk of de gebreken toen werden verholpen. Het algehele herstel en uitbouw volgde vanaf 1659 toen kerkmeester Alexander van Hauselt op 26 februari de eerste steen voor de werkzaamheden legde.

De eerst bekende hervormde predikant was Johannes Lorius (Leurius) die de gemeente bediende van 1609 tot in 1619. In de kerk bevindt zich nog de grafsteen van Johannes Ceporinus, de in 1647 overleden zesde predikant van Rossum. Tot 1684 bediende de predikant van Rossum ook de Hervormde Gemeente van Fort Sint-Andries. Via diverse bronnen is een compleet overzicht van predikanten vanaf 1609 beschikbaar. * 

Door de overgang in 1572 naar de zijde van de opstandelingen tegen Spanje, kwam de Bommelerwaard los te staan van de, vooralsnog Spaans gebleven, rest van Gelderland. Dat had onder meer tot gevolg dat de streek kerkelijk gezien werd ingedeeld bij Holland en tot de classis Dordrecht ging behoren. Vanaf 1578 maakte Bommel en de Bommelerwaard deel uit van de classis Gorcum, waartoe ook Heusden, Woudrichem, Vianen, Culemborg, Buren, Leerdam, Asperen, Heukelum, en alle onderhorige dorpen, hoorden. Nadat de Bommelerwaard weer Gelders was geworden in 1602 (de reductie van Bommel), werd de streek een onderdeel van de classis Nijmegen. Van die classis splitste zich echter al in 1606 de nieuwe classis Tiel-Bommel af. Op 20 september 1614 gingen Tiel en Bommel ieder afzonderlijk een classis vormen. De Hervormde Gemeente Rossum maakte vanaf toen dus onderdeel uit van de Classis Bommel. * 

Na de komst van de Fransen in 1795 is veel van het interieur van de kerk verloren gegaan en is de kerk gebruikt als huisvesting voor Franse troepen, waardoor het gebouw na het vertrek van de Fransen eind 1813 in slechte staat verkeerde. In 1854 was de toestand blijkbaar dermate onhoudbaar geworden dat de kerk, met uitzondering van de toren. werd gesloopt. Beging jaren zestig van de 19e eeuw werd een nieuwe kerk gebouwd, ontworpen door architect D.J. Itz.

Vanaf 1798 is de toren eigendom van de burgerlijke gemeente. Tot 1999 was dat de gemeente Rossum, vanaf de gemeentelijke herindeling van 1 januari 1999 is dat de gemeente Maasdriel. De in de toren aanwezige luidklok uit 1637 werd in 1942 door de Duitsers gevorderd en omgesmolten. In 1949 werd er een nieuwe klok aangeschaft.

Eind jaren vijftig van de twintigste eeuw kwam er een pastoraal verband tot stand met het nabijgelegen Hurwenen. Beide gemeenten bleven wel zelfstandig, maar met één predikant. Per 1 januari 1999 kwam er één kerkelijke gemeente tot stand: de Hervormde Gemeente Rossum - Hurwenen. Per 1 januari 2006 zijn de hervormde gemeente Rossum - Hurwenen en de Gereformeerde kerk van Rossum gefuseerd tot de Protestantse Gemeente te Rossum - Hurwenen. In januari 2018 vond de fusie plaats tussen deze gemeente en de Hervormde Gemeente Heerewaarden. Sindsdien is de nieuwe naam "Protestantse Tweestromengemeente te Rossum - Heerewaarden - Hurwenen". Het archief bevat slechts enkele stukken van ná 1965.