Het archief van het kapittel en de kerkfabriek is grotendeels verloren gegaan. Wat nu nog bewaard is, zijn slechts fragmenten. Na de Reformatie is datgene wat bewaard werd, verspreid geraakt. Verondersteld wordt dat vluchtende priesters in of kort na 1572 stukken hebben meegenomen. Peijnenburg acht het aannemelijk dat daarbij Gijsbert Jansz Masius, de laatste pastoor van Zaltbommel (1564-1572) vóór de Reformatie, daarbij een rol heeft gespeeld. Masius was vanaf 1579 kanunnik van de St.-Jan in 's-Hertogenbosch en vanaf 1594 bisschop van 's-Hertogenbosch. * 

Het archief van het kapittel en kerkfabriek of, beter gezegd, wat er nog van restte na de Reformatie, raakte erg verspreid. Een aantal stukken kwam terecht in de archieven van de St.-Pietersparochie, de St.-Jansparochie en het Bisdom in 's-Hertogenbosch. Pas in de jaren zestig van de vorige eeuw werden de meeste van die stukken door toedoen van de archivaris van het bisdom bijeengebracht in het Bisschoppelijk Archief.
De in deze inventaris onder nummer 48 beschreven band bevat veel stempels die er op duiden dat die band in het archief van de St.-Jan heeft berust, maar blijkbaar zijn ze in de jaren zestig vanuit het archief van de St.-Pieter overgebracht naar het bisschoppelijk archief. * 

De bisschoppelijke archiefdienst heeft, waarschijnlijk in de jaren zeventig van de vorige eeuw, de toen daar berustende kapittelrekeningen opnieuw in laten binden in twee grote banden. Dat valt achteraf te betreuren omdat een van beide banden zo dik en onhandelbaar werd dat die later weer uit elkaar moest worden genomen toen het Regionaal Archief Rivierenland plannen maakten om het archief te digitaliseren en beide banden een verkeerd opschrift kregen.

In de jaren tachtig bleek dat in het archief van de St.-Jan in 's-Hertogenbosch nog een aantal losse kapittelrekeningen uit de zestiende eeuw berusten. Ook die werden overgebracht naar het Bisschoppelijk Archief. * 

In de Archieven van de stad Zaltbommel (1293) 1327-1815 berust een obituarium van St.-Maartenskerk (inventarisnummer 3020/1134) dat is aangelegd in het begin van de 14e eeuw en is bijgehouden tot de opheffing van het kapittel in 1572. Het register is in 1853 door het stadsbestuur aangekocht op een veiling, maar behoorde oorspronkelijk zonder enige twijfel tot het archief van het kapittel. In deze inventaris is een verwijzing geplaatst naar dat register.

In (vooral oudere) literatuur wordt dit obituarium vaak ook aangeduid als necrologium. Zie over de lotgevallen van dit handschrift: Dr. J.G.R. Acquoy, Jan van Venray, blz. 15 noot 2. Zie voor de aankoop van dit handschrift door het stadsbestuur in 1853 het archief van de stad Zaltbommel 1816-1928 (toegang 3019), inventarisnummer 3019/4610. Dit obituarium is gescand en digitaal als nummer 1937 opgenomen in de collectie dtb-registers van de Bommelerwaard bij het Regionaal Archief Rivierenland. Het is in te zien op de website onder de dtb-registers. Voor een transcriptie en een (vrije) Nederlandse vertaling zie het Archief van de familie Beckering Vinckers, toegang 3033, inventarisnummers 3033/42 - 3033/50

In de Archieven van de Hervormde Gemeente Zaltbommel, toegang 3021, bevindt zich een plattegrond van de graven in de St.-Maartenskerk, die in oorsprong dateert uit de 16e eeuw, dus van vóór de Reformatie. Daarom is bij het archief van de kerkfabriek een verwijzing opgenomen naar deze plattegrond.

Welvaarts beschreef in 1892 (zie literatuurlijst) een aantal stukken dat toen berustte in het archief van de Norbertijner Abdij van Postel (België) zonder daarbij aan te geven hoe die stukken daar terecht waren gekomen. Kuys (2014) vermeld dat die stukken in 2012 inmiddels volgens opgave van de abdij grotendeels niet meer aanwezig waren. Waar ze zijn gebleven is onduidelijk. Dat er in 1984-1986 in ieder geval nog een aantal stukken aanwezig was in Postel, blijkt uit de digitale opnamen van in die jaren gemaakte microfilmopnamen, die nu gedigitaliseerd in te zien zijn op de website van het Brabants Historisch Informatie Centrum (BHIC) in ‘s-Hertogenbosch. *  Aangezien daarin niet alle stukken zijn terug te vinden die Welvaarts in 1892 (zie literatuurlijst) in zijn publicatie beschreef, is het de vraag in hoeverre die digitale bestanden compleet zijn en of tussen 1892 en het maken in 1984-1986 van de microfilmopnamen waarop de scans in het BHIC zijn gebaseerd, stukken verloren zijn gegaan. *  De hierboven reeds genoemde opmerking in de publicatie van Kuys (zie literatuurlijst) lijkt op dat laatste te duiden.

In zijn publicatie vermeld Welvaarts ook een ongedateerd, maar waarschijnlijk daterend uit de 16e eeuw, dat een door een kanunnik geschreven lijst bevat van stukken behorend tot het archief van het kapittel, die toen door het kapittel opgeborgen waren in een viertal laden. De meeste van de in dat overzicht vermelde stukken, zijn hoogstwaarschijnlijk verloren gegaan. * 

Het ligt in de bedoeling om het hele in deze inventaris beschreven archief te digitaliseren. De Stichting Vrienden van de Bommelerwaardse Archieven heeft al enige jaren geleden besloten dat financieel mogelijk te maken. Het wachten was echter op deze inventarisatie.