Wanneer de parochie werd gesticht is niet bekend. In de twaalfde eeuw verkreeg de abdij van St.-Truiden van de grafelijke familie van Duras veel goederen en rechten in Alem waaronder de kerk en de daaraan verbonden kerkgoederen. Vanaf de veertiende eeuw, maar wellicht al eerder, kende Alem twee heren. De abdij van St.-Truiden had tweederde van de heerlijke rechten en de hertog van Brabant eenderde. De abdij bezat onder meer het recht om de dorpsfunctionarissen te benoemen en het collatierecht van de pastoor. De abdij bleef deze rechten uitoefenen tot aan de Bataafs-Franse tijd.

Er is nog veel onduidelijk over de kerkelijke geschiedenis van Alem. Het dorpje had in de middeleeuwen een collegiale kapittelkerk gewijd aan Sint Odrada. Waarschijnlijk kwam die in de plaats van een al bestaande parochiekerk toegewijd aan Sint-Hubertus. De verering van Sint Hubertus bleef bestaan, naast de verering van Odrada. Wanneer het kapittel ophield te bestaan en de kapittelkerk verloren ging, is niet bekend. Waarschijnlijk aan het begin van de Reformatie, toen de uitoefening van de katholieke godsdienst in Staats Brabant werd verboden. Wat Alem betreft ontstond er een wat onduidelijke situatie. Gezien de invloed van de abdij van Sint-Truiden was er meer vrijheid voor katholieken en vanaf 1609 is een doorlopende reeks pastoors bekend (Schutjes 1873). Aangezien in nabij gelegen plaatsen in de Bommelerwaard de katholieke zielzorg ten tijde van de Republiek vaak erg moeilijk was, werden in Alem veel dopen verricht en huwelijken voltrokken uit die plaatsten. Dat is terug te zien in de DTB-registers.

De komst van de Fransen in 1672 bracht meer godsdienstvrijheid met zich mee. Op het einde van de 17e eeuw had Alem in ieder geval (weer) een eenvoudige katholiek (schuur)kerk, die in 1705 vernieuwd werd en in 1716, na onbruikbaar te zijn geworden na een overstroming, voor afbraak werd verkocht. De in dat jaar gebouwde nieuwe kerk onderging het jaar daarna hetzelfde lot. Met toestemming van de Staten Generaal werd het jaar daarna weer een nieuwe eenvoudige schuurkerk gebouwd. In 1757 was die blijkbaar zover vervallen dat herbouwd noodzakelijk was. Toen die kerk niet meer voldeed werd tussen 1872 en 1875 de huidige katholieke kerk gebouwd, die eveneens is toegewijd aan Sint-Hubertus.