Uit het bewaard gebleven verslag van de laatste kerkvisitatie voor de Reformatie, dat dateert uit 1571, blijkt dat er veel misstanden heersten in de toenmalige katholieke parochie. *  In 1572 ging Zaltbommel over naar de zijde van de opstandelingen tijdens de Tachtigjarige Oorlog. Verondersteld wordt dat spoedig daarna de Brakelse kerk in gebruik genomen voor de Gereformeerde (Hervormde) eredienst. De eerste predikant waarvan de naam is overgeleverd is Hendricus Spudaeus van 1587-1589. Daarna is er vanaf 1615 een complete lijst van predikanten, te beginnen met Laurentius Cornelii van 1615 tot 1618. * 

Het collatierecht ten aanzien van de predikantsbenoemingen kwam toe aan de heer van de heerlijkheid Brakel tot het collatierecht in Nederland in 1922 bij wet werd afgeschaft. *  Maar eerder zag de heer Van Brakel regelmatig al vrijwillig af van zijn recht. De van oorsprong katholieke kerk was toegewijd aan Sint-Martinus. Het oudste gedeelte van de huidige kerk dateert mogelijk al uit de 11e of 12e eeuw. In de 15e eeuw werd de kerk verbouwd tot een driebeukige pseudo-baseliek. Er vonden grote verbouwingen plaats in 1645, 1749, 1825, 1851 en na de tweede wereldoorlog. De kerk kent een aantal fraaie gebrandschilderde ramen uit de 17e en 18e eeuw, die meerdere keren werden gerestaureerd. De kerk bezit verder onder andere een Van Dam-orgel dat in 1898 werd aangeschaft. Dat orgel verving een waarschijnlijk uit Delft afkomstig (tweedehands) Strümphel-orgel dat in 1837 aan de kerk was geschonken. Zowel de kerk als toren zijn aangewezen als rijksmonument. De toren bij de kerk is eigendom van de burgerlijke gemeente. Tot 1999 was dat de gemeente Brakel, daarna de gemeente Zaltbommel. Op het einde van de Tweede Wereldoorlog hebben de Duitsers een poging gedaan om de kerktoren op te blazen, maar die poging lukte slechts ten dele. Alleen de spits ging in vlammen op en de monumentale torenklok viel daardoor kapot. De toren bleef zonder spits totdat kerk en toren begin jaren vijftig van de vorige eeuw grondig werden gerestaureerd.

Door de overgang in 1572 naar de zijde van de opstandelingen tegen Spanje, kwam de Bommelerwaard los te staan van de, vooralsnog Spaans gebleven, rest van Gelderland. Dat had onder meer tot gevolg dat de streek kerkelijk gezien werd ingedeeld bij Holland en tot de classis Dordrecht ging behoren. Vanaf 1578 maakte Bommel en de Bommelerwaard deel uit van de classis Gorcum, waartoe ook Heusden, Woudrichem, Vianen, Culemborg, Buren, Leerdam, Asperen, Heukelum, en alle onderhorige dorpen, hoorden. Nadat de Bommelerwaard weer Gelders was geworden in 1602 (de reductie van Bommel), werd de streek een onderdeel van de classis Nijmegen. Van die classis splitste zich echter al in 1606 de nieuwe classis Tiel-Bommel af. Op 20 september 1614 gingen Tiel en Bommel ieder afzonderlijk een classis vormen. De Hervormde Gemeente Brakel maakte vanaf toen dus onderdeel uit van de Classis Bommel. * 

Per 1 mei 2004 fuseerden de Nederlandse Hervormde Kerk, de Gereformeerde Kerken in Nederland en de Evangelisch-Lutherse Kerk in het Koninkrijk der Nederlanden tot de Protestantse Kerk in Nederland (PKN). Sindsdien maakt de Hervormde Gemeente Brakel deel uit van die PKN. Binnen die PKN kan de gemeente gerekend worden tot de modaliteit van de Gereformeerde Bond.