Algemeen:
De Hervorming zou ter plaatse vaste voet hebben gekregen in het jaar 1573. * 
Met zekerheid is dit niet te zeggen, hoewel er wel gegevens bekend zijn, die terzake reppen over 1573 of 1574. Quirinus de Palme predikte alhier, te Leerdam en te Asperen in die jaren. * 
Na de bezetting van Leerdam, Asperen en Heukelum in 1574 door de Spaanse troepen onder Vitelli werd hij opgehangen. Uit de acta van de classis Dordrecht blijkt, dat in 1574 en 1575 een zekere Petrus van Os hier predikant was, die in het laatste jaar vertrok naar Klaaswaal.
Als eerste vaste predikant kan Johannes Hassevelt aangemerkt worden, maar als deze komt is het reeds 1584. In de acta van de classis Gorinchem is Heukelum veelvuldig aan de orde.
Globaal genomen is er met een kleine onderbreking tussen 1593 en 1606 een predikantsvacature. Gedurende dit tijdvak wordt de dienst waargenomen door Abraham Adriani, predikant van Kedichem en Oosterwijk en waarschijnlijk door Wilhelmus Vink, eveneens predikant in die dorpen.
Van 1629 tot 1638 was er ook een vacature. In bovengenoemde vacatures hebben het traktement en de huisvesting van de predikant een grote rol gespeeld. *  Dit houdt weer verband met de beschikking over de geestelijke goederen. Ten tijde van de Hervorming behoorde Heukelum aan Maria van Arkel, minderjarige dochter van Otto van Arkel, die op 27 juni 1567 overleed.
Zij vertrok met haar moeder, die hertrouwde, naar Atrecht, het bestuur over Heukelum aan een drost overlatende. Het contact met Heukelum zal door de oorlogshandelingen wel bemoeilijkt geworden zijn. Van 1578 tot 1598 is Johan van Arkel, een onechte zoon van Walraven van Arkel en dus een oom van voornoemde Maria van Arkel, drossaard van de stad.
Hij was vermoedelijk protestant en bewoonde waarschijnlijk permanent het kasteel van Heukelum. Zijn zoon Roelof van Arkel werd drossaard van Buren en van Gorinchem. * 
De consolidatie van de Hervorming ter plaatse heeft dus onder het bewind van Johan van Arkel plaatsgevonden. Algemeen wordt aanvaard, dat o.a. door overstromingen en inundaties in deze omgeving de Spanjaarden zich na 1574 hier niet meer vertoond hebben.
Het oude kerkgebouw, dat gewijd was aan de maagd Maria, is wat het schip betreft met de grote toren in 1699 verbrand als gevolg van blikseminslag. * 
Bij de grote stadsbrand van 1772 is de toren weer verbrand. Na de brand van 1699 werd de boog van het koor dichtgemetseld. In 1728 werd deze boog weer geopend en werd een aanbouw tegen het koor geplaatst.
De grote toren is in 1799 eigendom van de burgerlijke gemeente geworden. * 
Hij werd in 1829 verkocht voor f 4000,- en afgebroken, de gemeente moest het daarna zonder toren stellen. *  Dit gemis werd ongedaan gemaakt in 1858 toen gelijk met een algehele restauratie van het kerkgebouw er een torentje op werd geplaatst, dat voorzien werd van een klok en een uurwerk. * 
In 1949 werd de vleugel, waarin de consistoriekamer zich bevindt, verbouwd. Van 1963 tot 1966 vond een grote restauratie aan het kerkgebouw plaats.
De restauratie van het kerkorgel kwam in 1969 klaar. De pastorie bevond zich aanvankelijk aan de westzijde van de toren.
Zij brandde in 1699 eveneens af. Een nieuwe pastorie werd daarna gebouwd in de Voorstraat voor welks bouw in vele plaatsen werd gecollecteerd. Dit gebouw werd gesloopt in 1881, waarna ter plaatse een nieuwe pastorie verrees. *  Deze pastorie, eigendom van de heerlijkheid, werd aan de kerk verkocht en door de kerk weer aan de burgerlijke gemeente. Zij werd gesloopt in 1967; de kerk heeft toen een kleiner huis aan de Groenewal, bestemd voor pastorie, gekocht. Over de bezetting van de oude pastorieën hebben zich met de eigenaren van de heerlijkheid diverse geschillen voorgedaan.
De oude pastorieën maakten deel uit van de geestelijke goederen. Na de Hervorming heeft de vrouwe van Heukelum Maria van Arkel het beheer van deze goederen aan zich getrokken.
De kwestie van deze goederen, afkomstig van de kerk van Heukelum, werd opgelost op 17 maart 1627 door een overeenkomst, gesloten door de heer van Heukelum en de ontvanger van die goederen, waarbij voornoemde heer beloofde voortaan te betalen f 400,- in plaats van f 300,- jaarlijks aan de predikant.¹⁰ Hij behield echter de geestelijke goederen, bestaande uit de pastorie en veel landerijen. Aan de geschillen over de pastorie tussen de kerkeraad en de kerkvoogdij en de eigenaar van de heerlijkheid is door de verkoop van de pastorie aan de kerk een einde gemaakt. Organisatie:
De kerk van Heukelum behoorde aanvankelijk tot de classis Dordrecht, waarvan vanwege haar grootte omstreeks 1577 de classes Gouda en Gorinchem werden afgesplitst.¹¹
Daarna behoorde Heukelum tot laatstgenoemde classis.
In 1816 werd de kerk van Heukelum ondergebracht bij de classis Gouda. Als gevolg van de nieuwe kerkorde van 1951 behoort Heukelum nu tot de nieuw gevormde classis Gorinchem.
Het recht van collatie behoorde van oudsher aan de plaatselijke heer op voordracht van de kerkeraad.¹² Daarna had de beroeping van een predikant plaats. Zo was althans de situatie tijdens de Republiek. In 1797 werd het recht van collatie van de plaatselijke heer vervallen verklaard. De te beroepen predikant werd daarna gekozen door de manslidmaten uit een voordracht van twee predikanten; de kerkeraad bracht dan het beroep uit. Over de toepassing van het recht van collatie ontstond van 1805 tot 1807 bij de beroeping van ds A. de Voogd een geschil tussen de kerkeraad en de toenmalige heer Justinus Adriaan van Gennep.¹³ Na de Franse tijd werd het recht van collatie door de heer hersteld. Hij koos uit een voordracht van twee personen, opgemaakt door de kerkeraad. De grondwetswijziging van 1922 maakte tenslotte een einde aan alle collatie- en patronaatsrechten.
Voor 1902 benoemde de kerkeraad uit zijn midden de ouderlingen en diakenen.
Van 1902 tot 1951 geschiedde deze benoeming door een kiescollege.¹⁴
Wanneer het college van kerkvoogden en notabelen is gaan functioneren is onbekend.
De kerkeraad nam op 6 november 1831 het besluit tot het aannemen van het reglement op de kerkadministratie van 1819! Tevens was er sprake van een vergadering van kerkvoogden en notabelen op 3 juni 1833.¹⁵ Op 10 maart 1869 werd een plaatselijk reglement vastgesteld op de administratie der kerkelijke eigendommen, fondsen en de kosten van de eredienst.¹⁶ De gemeente heeft sinds 1870 een zogenaamd vrij beheer.¹⁷