Al in 1318 bestond er een schepenbank in Culemborg. De oudste bewaard gebleven stukken in dit archief dateren van 1440. Van het oorspronkelijke archief is dus veel verloren gegaan, van wat bewaard bleef is vrij veel beschadigd. Deels zijn die stukken in het verleden al gerestaureerd, maar een aantal stukken moet nog behandeld worden en kan niet ter inzage worden gegeven.

Veelal is onbekend wanneer de schade of de lacunes zijn ontstaan. Een uitzondering hierop vormt een deel van inventarisnummer 236, waar uit een aantekening uit 1607 blijkt dat de schade al is ontstaan in de 16e eeuw: "Is te weeten dat enige bladeren hier achter vuyt verroth ende vergaen zijn overmits ’t signaet beneffens noch andere registeren inde Brederoesen crijch op den stadhuijs int wulffsz op de Raetcamer verborgen waren ende aldus verdorven ende soe onder andere acten, enighe scepenenbrieven daer mede inne stonden ende bij pertijen versocht zijn te roijeren, soo is tot pertien verzekertheijt dese navolghende notelen hier under gestelt, als [volgt de rechtshandeling, de cassatie van een rentebrief, hier niet getranscribeert] op den achtsten octobris XVIc soeven. * 

Na de opheffing van de beide gerichtsbanken bij de invoering van het nieuwe rechterlijke bestel in 1811, zijn de rechterlijke stukken afgesplitst van de rest van het stedelijk archief en overgenomen door het Rijk. Ze werden aanvankelijk ondergebracht bij de Rechtbank van Eerste Aanleg te Gorinchem, vanaf 1838 de Arrondissementsrechtbank te Gorinchem. Na de opheffing van die rechtbank werd het archief in 1877 overgebracht naar de Arrondissementsrechtbank te Dordrecht. Vandaar werd het archief later overgebracht naar het Nationaal Archief in Den Haag en in 1884 van daaruit weer naar het Rijksarchief in Gelderland te Arnhem (thans Gelders Archief). *  Door het Gelders Archief werd het archief in 2012 in eigendom overgedragen aan het Regionaal Archief Rivierenland.

Bij de afsplitsing van de stukken van het stedelijke (administratieve) archief in het begin vande 19e eeuw zijn fouten gemaakt, zodat er in het stedelijk archief nog stukken van rechterlijke aard aanwezig zijn en in dit archief stukken die wellicht met meer recht in het stedelijk (administratieve) archief hadden kunnen blijven berusten. Zie ook paragraaf 5.3 van deze inleiding.

In de loop der tijd heeft er enkele malen een ruil plaatsgevonden met stukken in het archief van de stad en het grafelijk archief. Een scherpe scheiding tussen administratief archief (stadsarchief) en rechterlijk archief van het graafschap is - zoals al gesteld - niet te maken omdat vóór 1811 geen duidelijk onderscheid werd gemaakt tussen beide. De schepenen, aangevuld met de burgemeesters, vormde immers ook de raad (magistraat) van de stad. * 

Dat de beide archieven vroeger één geheel vormden en een definitieve en totale scheiding dus lastig is aan te brengen blijkt onder andere ook wel uit de serie registers die bekend staat als "Rolle van Politie" over de periode 1706-1795, waarin naast geringe justitiële zaken ook resoluties van de magistraat zijn ingeschreven. Ze werden in de 19e eeuw, waarschijnlijk mede vanwege de titel, toegevoegd aan het rechterlijk archief. Maar in de jaren dertig van de vorige eeuw werden ze, omdat ze toch meer aansloten met andere resolutieregisters, daaruit weer verwijderd en ondergebracht in het archief van het stadsbestuur. * 

Het archief was bij de overdracht in 2012 door het Gelders Archief nog steeds voorzien van de grofmazige plaatsingslijst die J.F. Bijleveld als rijksarchivaris in Gelderland er eind 19e eeuw van maakte.

Het archief is in 2019 (opnieuw) geïnventariseerd door J. Buylinckx. Bij het afzonderlijk verpakken en beschrijven van een groot aantal van de procesdossiers is hulp verleend door enkele vrijwilligers van het Regionaal Archief Rivierenland.

Bij de inventarisatie werd het hele archief opnieuw verpakt en werden onder meer de grote series stukken (o.a. boedelpapieren, rekesten, getuigenverhoren) gesplitst, afzonderlijk beschreven en genummerd. De rubrieksindeling werd geheel herzien en een uitgebreide inleiding geschreven.

Tijdens de inventarisatie van 2019 bleek dat de (oude) inventarisnummers 242 en 243 (Registers van procuraties, borgtochten, attestaties, contracten, arresten, etc. 1751-1753 en 1764-1769) niet behoorden tot dit archief, maar tot het Rechterlijk Archief van Leerdam. De beide registers zijn overgedragen aan het Regionaal Historisch Centrum Zuidoost Utrecht te Wijk bij Duurstede, waar het genoemde rechterlijk archief wordt bewaard. *