Neerijnen stond aanvankelijk met het oostelijker gelegen Opijnen bekend onder de naam IJnen. Een midden 12e eeuws handschrift (een copie van een handschrift uit 996) geeft de vermelding '...quicquid in Ine habuit. ';andere vermeldingen zijn in 997 en 1259 Yne. *  .
In het jaar 1265 sprak men van Nederijnen cum Opijnen, in 1280 van Ynen et Opinen. Vanaf het einde van de 14de eeuw werd Neerijnen aangeduid als Nederijnen, onder deze naam vinden we het dorp ook in 18de eeuwse archiefstukken nog terug. De huidige spelling van de naam komt vanaf 1481 voor. Neerijnen was evenals Waardenburg een dagelijkse heerlijkheid. De eigenaar hiervan was steeds dezelfde als die van de heerlijkheid Waardenburg. *  .
Een beschrijving uit de tweede helft van de achttiende eeuw geeft een contemporain beeld van het dorp: '...Opijnen en Neerijnen zijn twee dorpjes, die door graaf Otto III in het jaar 1265, te zamen met Hiern, aan ridder Rudolf Kok werden afgestaan in ruil voor enige andere goederen. Neerijnen ligt nog bij deze stad (Zaltbommel). De Gereformeerde kerk van Neerijnen wordt met die van Waardenburg door één predikant bediend. Ook is mij bij mededeling bekend dat bij Neerijnen, aan de Waaldijk, een adellijk huis staat...' *  Met dit laatste huis moet het huidige kasteel bedoeld zijn, in gebruik bij de gemeente Neerijnen als gemeentehuis.